Skip navigation
  •  Inicio
  • UDC 
    • Cómo depositar
    • Políticas do RUC
    • FAQ
    • Dereitos de Autor
    • Máis información en INFOguías UDC
  • Percorrer 
    • Comunidades
    • Buscar por:
    • Data de publicación
    • Autor
    • Título
    • Materia
  • Axuda
    • español
    • Gallegan
    • English
  • Acceder
  •  Galego 
    • Español
    • Galego
    • English
  
Ver ítem 
  •   RUC
  • Facultade de Informática
  • Investigación (FIC)
  • Ver ítem
  •   RUC
  • Facultade de Informática
  • Investigación (FIC)
  • Ver ítem
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

PyToxo: a Python tool for calculating penetrance tables of high-order epistasis models

Thumbnail
Ver/abrir
Gonzalez_Seoane_Borja_2022_PyToxo_A_Python_Tool.pdf (1.345Mb)
Use este enlace para citar
http://hdl.handle.net/2183/31178
Atribución 3.0 España
A non ser que se indique outra cousa, a licenza do ítem descríbese como Atribución 3.0 España
Coleccións
  • Investigación (FIC) [1728]
Metadatos
Mostrar o rexistro completo do ítem
Título
PyToxo: a Python tool for calculating penetrance tables of high-order epistasis models
Autor(es)
González-Seoane, Borja
Ponte-Fernández, Christian
González-Domínguez, Jorge
Martín, María J.
Data
2022
Cita bibliográfica
González-Seoane, B., Ponte-Fernández, C., González-Domínguez, J. et al. PyToxo: a Python tool for calculating penetrance tables of high-order epistasis models. BMC Bioinformatics 23, 117 (2022). https://doi.org/10.1186/s12859-022-04645-7
Resumo
[Abstract] Background Epistasis is the interaction between different genes when expressing a certain phenotype. If epistasis involves more than two loci it is called high-order epistasis. High-order epistasis is an area under active research because it could be the cause of many complex traits. The most common way to specify an epistasis interaction is through a penetrance table. Results This paper presents PyToxo, a Python tool for generating penetrance tables from any-order epistasis models. Unlike other tools available in the bibliography, PyToxo is able to work with high-order models and realistic penetrance and heritability values, achieving high-precision results in a short time. In addition, PyToxo is distributed as open-source software and includes several interfaces to ease its use. Conclusions PyToxo provides the scientific community with a useful tool to evaluate algorithms and methods that can detect high-order epistasis to continue advancing in the discovery of the causes behind complex diseases.
Palabras chave
Simulation
Epistasis model
Gene interaction
Penetrance
Prevalence
Heritability
Python
SymPy
 
Versión do editor
https://doi.org/10.1186/s12859-022-04645-7
Dereitos
Atribución 3.0 España

Listar

Todo RUCComunidades e colecciónsPor data de publicaciónAutoresTítulosMateriasGrupo de InvestigaciónTitulaciónEsta colecciónPor data de publicaciónAutoresTítulosMateriasGrupo de InvestigaciónTitulación

A miña conta

AccederRexistro

Estatísticas

Ver Estatísticas de uso
Sherpa
OpenArchives
OAIster
Scholar Google
UNIVERSIDADE DA CORUÑA. Servizo de Biblioteca.    DSpace Software Copyright © 2002-2013 Duraspace - Suxestións