Protocolo alternativo de predicción de estructura de proteínas ab initio con el entorno Rosetta

Abstract

[Resumen]: Uno de los problemas que ha sido considerado como uno de los más grandes desafíos durante los últimos 50 años es el problema de predicción computacional de la estructura terciaria de las proteínas. El entorno Rosetta es un paquete software que se usa para la predicción de la estructura de las proteínas. El objetivo principal del proyecto es definir un protocolo alternativo al que usa Rosetta, con el fin de obtener conformaciones optimizadas con diversidad estructural, de modo que se incremente la probabilidad de encontrar estructuras cercanas a la estructura nativa real. Para ello se experimentará con diferentes medidas de diferencia estructural y con diferentes umbrales de distancia. Los experimentos se realizarán sobre un conjunto amplio de proteínas y se analizará el impacto que tiene el protocolo alternativo sobre los resultados.

[Abstract]: One of the problems that has been considered one of the greatest challenges during the last 50 years is the problem of the computational prediction of the tertiary structure of proteins. The Rosetta environment is a software package used for the prediction of the structure of proteins. The main objective of the project is to define an alternative protocol to the one used by Rosetta, in order to obtain optimized conformations with structural diversity, so that the probability of finding structures close to the real native structure is increased. To do this, we will experiment with different measures of structural difference and with different distance thresholds. The experiments will be carried out on an ample set of proteins and the impact of the alternative protocol on the results will be analyzed.