Mechanisms of transcriptional regulation mediated by "IXR1" in yeast
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http://hdl.handle.net/2183/15968Coleccións
- Teses de doutoramento [2154]
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Mechanisms of transcriptional regulation mediated by "IXR1" in yeastAutor(es)
Director(es)
Cerdán, María EsperanzaData
2015Centro/Dpto/Entidade
Universidade da Coruña. Departamento de Bioloxía Celular e MolecularResumo
[Resumen]
Ixrl es una proteína de Saccharomyces cerevisiae previamente
relacionada con la respuesta a hipoxia y a estrés oxidativo, así como en la
resistencia a cisplatino. El trabajo presentado en esta Tesis permite ampliar el
conocimiento de los mecanismos de regulación mediante los cuales Ixr1 participa
en estos procesos. Se realizaron experimentos de transcriptómica y localización de
los sitios de unión de Ixr1 a lo largo del genoma y sus características. Los
resultados mostraron que Ixr1 participa en la regulación de la asimilación de azufre
y en el metabolismo de compuestos que contienen azufre, de aminoácidos de
cadena larga y en diversas etapas de la biogénesis de ribosomas. La implicación de
Ixr1 en el control energético de la célula es un factor indispensable para explicar la
adaptación de la célula a los niveles de oxígeno o al daño producido por cisplatino.
La caracterización bioquímica de Ixr1, acompañada de análisis funcionales de
distintos motivos de la proteína, mostró que su unión al ADN se produce mediante
los HMG-box en tándem, según un modelo secuencial con cooperatividad positiva.
Además, las regiones que flanquean a los dominos de unión a ADN presentan un
alto grado de desorden estructural V con tendencia a la agregación en forma de
fibras amiloides, lo que sugiere la posibilidad de que Ixr1 pueda actuar como prion. [Resumo]
Ixrl é unha proteína de Saccharomyces cerevisiae anteriormente
relacionada coa resposta á hipoxia e frente ó estrés oxidativo, así como na
resistencia a cisplatino. O traballo presentado nesta Tese permite ampliar o naso
eoilecemento dos mecanismos de regulación polos cales Ixrl participa nestes
procesos. Experimentos de transcriptomica e localización dos sitios de unión de
Ilxr1 ao langa do xenoma e as súas características foron realizados. Os resultados
mostraron que Ixrl participa na regulación da asimilación de xofre e do
metabolismo de compostos que conteñen xofre, aminoácidos de cadea langa e en
varios estadios da bioxénese dos ribosomas. A implicación de Ixrl no control da
enerxética da célula é indispensable para explicar a adaptación da célula os niveis
de osrxeno ou os danos por cisplatino. A caracterización bioquímica de Ixrl,
acompañada polo análise funcional de varios motivos proteicos, mostrou que a súa
unión ao AON acorre a través dos seus dominios HMG-box, seguindo un modelo
secuencial con cooperatividade positiva. Ademais, as rexi6ns que flanquean os
dominas de unión ao AON teñen un elevado grao de desorde estrutural e
tendencia a agregar en forma de amiloides, suxerindo a posibilidade de que Ixrl
poida actuar coma un prion. [Abstract]
Ixrl is a protein from Saccharomyces cerevisiae that was previouslV
involved in the response to hypoxia and oxidative stress, as well as in cisplatin
resistance. The work presented here allows expanding the knowledge regarding
the regulatory mechanisms by which Ixrl participates in these processes.
Transcriptome analyses and experiments to identify the position and
charaeteristics of Ixrl binding sites along the genome were pertormed. They
showed that Ixrl participates in the regulation of sulphur assimilation, the
metabolism of sulphur compounds, long chain amino acids and in diverse steps of
ribosome biogenesis. The implication of Ixrl on the control of cellular energetics is
a crucial faetor for explaining cellular adaptation to oxygen levels or cellular
damage produced bV cisplatin. Biochemical characterization of Ixrl, accompanied
by funetional analvsis of different domains in the protein, also revealed that the
binding to DNA is produced through its tandem HMG-box domains in a sequential
model with positive cooperativity. Moreover, regions flanking the DNA binding
domains show high structural disorder and thev are prone to aggregate in amyloid
fibrils, raising the possibility that Ixrl could act as a prion.
Palabras chave
Saccharomyces cerevisiae
Proteínas
Células-Respiración
Proteínas
Células-Respiración
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